Barockmalerei, Architekturzeichnung und ein Neubau fürs Institut (2001–2013)
2001 trat Sybille Ebert-Schifferer die Nachfolge von Matthias Winner an. Ihr Forschungsschwerpunkt lag auf der Malerei und den Bildkünsten der Frühen Neuzeit, wie zum Beispiel der bolognesischen und römischen Malerei – insbesondere Caravaggio. Elisabeth Kieven war kurz zuvor als Spezialistin der römischen Architekturzeichnung des 17. und 18. Jahrhunderts als Nachfolgerin von Christoph Luitpold Frommel berufen worden. Bereits zuvor, 1994, hatte man sich für einen Bibliotheksneubau anstelle des statisch und brandschutztechnisch unzureichenden Bibliotheksflügels aus den 1960er Jahren entschieden. Im Dezember 2001 wurde die Bibliothek nun für die anstehenden Bauarbeiten geschlossen und 70.000 Bände in die Galleria Nazionale d’Arte Moderna (GNAM) ausgelagert.
Die Entwicklung und der Aufbau umfassender Forschungsdatenbanken bildeten seit dem Census of Antique Works of Art and Architecture Known in the Renaissance, der ersten Datenbank über die Rezeption der antiken Malerei, Plastik und Architektur in der Frühen Neuzeit, einen Forschungsschwerpunkt beider Abteilungen. Die 2000 unter der Leitung von Elisabeth Kieven begonnene Datenbank Lineamenta führt weltweit verstreute römische und italienische Architekturzeichnungen virtuell zusammen. Die 2001 von Sybille Ebert-Schifferer ins Leben gerufene Datenbank ArsRoma erfasst die Kunstproduktion in Rom von 1580 bis 1630. Beide Datenbanken arbeiten mit der am Institut für geisteswissenschaftliche Anforderungen entwickelten Software ZUCCARO.