Il nazionalsocialismo e la seconda guerra mondiale (1933–1953)
Quando i nazionalsocialisti presero il potere in Germania nel 1933, il Ministero degli esteri raccomandò che la Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft nominasse lo storico dell'arte e membro del NSDAP Werner Hoppenstedt come vice direttore della Bibliotheca Hertziana e successore di Ernst Steinmann. Egli doveva fungere da intermediario tra il NSDAP e il partito fascista nell'ambito della politica culturale a Roma. Steinmann, che in base alle disposizioni testamentarie di Henriette Hertz aveva il diritto di nominare il proprio successore, tentò di impedire la nomina di Hoppenstedt e propose invece Leo Bruhns, professore ordinario di storia dell'arte a Lipsia. Si riuscì a comporre la controversia solo fondando un secondo "dipartimento di studi culturali" sotto la direzione di Hoppenstedt. Nonostante le disposizioni testamentarie della fondatrice, di origine ebraica, che aveva deciso per una intitolazione dell’istituto che commemorasse la propria persona e la sua straordinaria donazione, il nome di questo fu forzatamente cambiato in linea con la propaganda e l’ideologia nazionalsocialista. Il nuovo "dipartimento di studi culturali" doveva servire non tanto alla ricerca storico-artistica, quanto alla diffusione della cultura tedesca e dello "spirito tedesco" nell'Italia fascista. Il patrimonio della biblioteca venne esteso per includere la letteratura di massa e di consumo di stampo nazionalsocialista, che fu comunque rimossa dalla biblioteca dopo la fine della guerra. Nell'autunno del 1943, sotto la direzione di Leo Bruhns, il patrimonio del reparto artistico fu incrementato e arrivò a comprendere quasi 40.000 volumi. Negli anni Trenta alla fototeca si aggiunse la nuova area dell'arte medievale, che venne successivamente ampliata grazie a campagne fotografiche condotte dal personale scientifico, e inoltre vennero istituite le sezioni dedicate all'architettura e alla scultura. Già a metà degli anni Trenta era nata così una collezione fotografica eccezionalmente ricca che, assieme alle collezioni librarie, costituiva un patrimonio unico per quell'epoca di materali di studio liberamente accessibile a tutti i ricercatori dell'istituto e consultabile insieme alle collezioni di libri.
Il 1 ottobre 1934 Leo Bruhns fu nominato successore di Steinmann come direttore del "dipartimento di ricerca di storia dell'arte" del istituto, che dal luglio 1934 prese il titolo ufficiale di "Kaiser-Wilhelm-Institut für Kunst- und Kulturwissenschaft (Bibliotheca Hertziana)" ("Istituto Kaiser Wilhelm di storia dell'arte e studi culturali [Bibliotheca Hertziana]"). I due dipartimenti coesistevano l'uno accanto all'altro: Hoppenstedt da un lato operò secondo la linea politica del partito nazionalsocialista, mentre dall'altro cercò di dare al suo dipartimento una parvenza di serietà scientifica impiegando studiosi e studiose di fama o invitandoli come referenti.
Leo Bruhns, invece, si impegnò per rafforzare il ruolo dell'istituto come centro di ricerca e formazione e, insieme al Kunsthistorisches Institut di Firenze (KHI), organizzò escursioni scientifiche, conferenze, visite guidate e viaggi didattici per promuovere e incentivare la formazione di giovani studiosi. Il Ministero aveva disposto che l'originario approccio cosmopolita dell'istituto venisse abbandonato e che la ricerca si concentrasse invece su tematiche di interesse per il nazionalismo tedesco, come l'analisi delle "connessioni tra l'arte italiana e tedesca". Ampliando i temi di ricerca per includere la cosiddetta "arte tedesca" degli Svevi nell'Italia meridionale, Bruhns riuscì a preservare la Bibliotheca Hertziana dalla completa appropriazione da parte dello stato nazionalsocialista, ma non fu in grado di impedire la cancellazione del nome della fondatrice ebrea nel 1938 e il divieto di assumere storici dell'arte ebrei.
Nel 1944 l'intera collezione di libri – contrariamente alle disposizioni testamentarie di Henriette Hertz e contro la volontà di Leo Bruhns – venne trasferita a Hallein in Austria. Dopo la fine della seconda guerra mondiale gli istituti di ricerca tedeschi a Roma furono confiscati dagli Alleati e furono restituiti alla Repubblica Federale solo in seguito all'accordo Adenauer-De Gasperi tra l'Italia e la Germania, firmato il 30 aprile 1953.